Météo Immunitaire

La météo Immunitaire est un concept développé par la société ImmunID, qui, grâce à une mesure qualitative, et exhaustive du répertoire immunitaire des lymphocytes, peut réaliser des diagnostics personnalisés.
Le diagnostic personnalisé est en pleine expansion, bientôt tout le monde pourra bénéficier de traitements mieux adaptés en fonction de sa météo immunitaire personnelle. Le système immunitaire nous sert de police du corps, pour nous défendre contre tout type d’infection. Cette défense est centrale, elle nous aide contre les maladies infectieuses, les cancers (leucémies, lymphomes…) les maladies auto-immunes, les allergies… Le blog ImmunID a pour objectif de vous présenter les dernières avancées dans ce domaine, grâce aux travaux innovants d'ImmunID Grenoble.
Bonne lecture, NP.

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Mercredi 10 janvier 2007

Dans le cadre de l’accord de partenariat entre ImmunID et le Centre Léon Bérard (CLB), une étude est en cours pour décrire les immunodéficiences d’origines cancéreuses notamment chez les patientes atteintes du cancer du sein. Après le traitement d'un cancer du sein par chirurgie ou radiothérapie, les rechutes sont possibles. La chimiothérapie s'impose alors dans le protocole de guérison. Certaines patientes la tolère mal et les effets indésirables sont nombreux. Le but de cet accord entre le CLB et ImmunID est de faire bénéficier ces patientes des innovations en météo immunitaire d'ImmunID via son test ImmunTraCkeR. Il s’agit d’identifier les personnes a risque de toxicité majeure afin de leur proposer un traitement préventif précoce des complications. Les médecins espèrent, avec ce programme, faire un pas de plus vers une médecine personnalisée des personnes sous chimiothérapie. Leurs objectifs sont très clairs : sauver des vies tout en diminuant les dépenses de santé grâce à une meilleure sélection des patientes à risque...

Par ImmunID
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Vendredi 27 avril 2007
La myasthénie autoimmune est une maladie neuromusculaire rare, chronique et hétérogène, caractérisée par une faiblisse musculaire sévère. La maladie est due à des autoanticorps anti-récepteur de l’acétylcholine chez la majorité des patients, et dont les effets délétères sont très mal compris. Les traitements actuels de la myasthénie sont symptomatiques, ont des effets secondaires sévères, et n’induisent pas d’effet bénéfique à long terme. Les patients à "début précoce" sont le plus souvent des femmes, et ont une pathologie thymique appelée hyperplasie. L’ablation du thymus est un des traitements très invasif proposé à ces patientes. ImmunID, en collaboration étroite avec l’équipe du Dr Sylvia Cohen-Kaminsky est un partenaire du projet Européen « Myastaid » www.myastaid.org (PF6) lancé début 2007 et coordonné par le Dr Sonia Berrih-Aknin du laboratoire CNRS UMR8162 de l'Hopital Marie-Lannelongue. Ce projet sélectionné dans la priorité du 6ème programme cadre « Développement de modèles in vitro et ou animaux pour les maladies rares » a pour ambition de développer de nouveaux modèles afin de progresser dans la connaissance, le suivi, le diagnostique, la prise en charge et la thérapeutique de la myasthénie.
« Il réunit a partir de 5 pays Européens, les 4 partenaires académiques leaders Européens voire mondiaux de la recherche sur la Myasthénie et 6 entreprises sélectionnées pour leur potentiel à développer en collaboration avec ces partenaires académiques des produits commerciaux au bénéfice des patients » précise le Dr Sylvia Cohen-Kaminsky.

Parmi les modèles développés dans ce projet, la signature immunitaire basée sur la connaissance de la diversité et de la qualité du répertoire des cellules T a été proposée pour améliorer la classification et le suivi des patients et des thérapeutiques d’avant-garde développées. Ce paramètre de répertoire immunitaire est le reflet de l’hétérogénéité individuelle de la maladie. Il est très important de connaitre ces cellules T faisant l’objet de ces études de répertoire immunitaire, car elles contrôlent étroitement la production des autoanticorps anti-récepteur de l’acétylcholine responsables de la maladie. Dans ce contexte ImmunID participe au développement de tests d’immunomonitoring de l’état « autoimmun » et immuno-régulateur des patients avec une approche originale basée sur l’analyse du répertoire TCR (avec la Technologie ImmunTraCkeR). Dans ce projet, il s’agit de répondre à la question « Est-ce que la signature immunitaire est pertinente pour le suivi des patients myasthéniques ? »
La tâche d’ImmunID en tant que partenaire industriel de ce projet Européen est d’étudier le répertoire immunitaire des lymphocytes, en mesurant la diversité combinatoire V-J des récepteurs des lymphocytes T. « Des résultats préliminaires obtenus par l’étude du thymus des patients dans le cadre d’un travail financé par l’AFM sont prometteurs » (collaboration avec l’équipe de Sylvia Cohen-Kaminsky, CNRS UMR8162, Hôpital Marie Lannelongue, Université Paris Sud). Ainsi, nous souhaitons caractériser avec précision l’évolution de cette pathologie dans le thymus des patients et dans le sang périphérique. Les concepts de météo immunitaires
d’ImmunID seront utilisés pour aider ces chercheurs à caractériser le répertoire des lymphocytes en condition autoimmune.
Notre savoir faire en diagnostic moléculaire personnalisé, sera mis à profit pour développer un test de suivi individualisé et de pronostic de cette maladie indique le Dr Nicolas Pasqual.

En Europe 4000 patients par an s’additionnent aux 50 000 patients existants. L’espérance de vie est de plusieurs décades pendant lesquelles les patients sont traités par des immunosuppresseurs qui ont des effets secondaires considérables. Compte tenu du vieillissement de la population Européenne, le nombre de patients va rapidement augmenter dans les années à venir. Il est urgent d’améliorer la prise en charge et le suivi de ces patients qui présentent une qualité de vie diminuée, causent des difficultés à leurs familles, et induisent des couts économiques et sociaux à la communauté Européenne.
« Si l’impact de ce projet sur la qualité de vie et la santé des patients myasthéniques est évident, tous ces développements auront certainement aussi des retombées pour d’autres maladies autoimmunes ou pathologies immunitaires dans lesquelles il serait approprié de définir une signature immunitaire et la nécessité d’un suivi à visée diagnostique ou pronostique » prévoie le Dr Sylvia Cohen-Kaminsky.

Ainsi l’utilisation des technologies déjà développées par ImmunID, ainsi que le développement de nouveaux outils dans ce projet constitue un travail pionnier pour l’étude d’autres maladies, ce qui augmente d’autant le marché existant pour les signatures immunitaires.« ImmunID est bien positionné pour obtenir une position de leader Européen pour le marché des signatures immunitaires ».

Par Dr Sylvia Cohen-Kaminsky
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Mercredi 6 juin 2007
Le projet LYMPHOS1 a été labellisé par le Conseil d’Administration de LYONBIOPOLE en 2006. Ce projet, élaboré par la société ImmunID issue du CEA de Grenoble, a pour ambition de proposer des produits et services pour le dépistage des patients cancéreux à haut risque de complications infectieuses.
La stratégie d’immunosurveillance envisagée doit permettre de prévenir ces complications.  Le projet permettra de tester la valeur pronostique de l’étude du répertoire immunitaire des patients par  la méthode utilisant une composante de diversité combinatoire comme marqueur de mesure de la diversité et du niveau de reconstitution du répertoire immunitaire T.

Les équipes hospitalières du Centre Léon Bérard  sont d’excellente qualité ; elles sont à même de fournir des données cliniques fiables….Compte tenu de la qualité scientifique du dossier, du dynamisme des porteurs et de l’enjeu économique des études proposées pour la compagnie ImmunID, nous soutenons ce programme.

Dr. Bernard Mandrand

Directeur scientifique du LyonBiopôle

Pole de compétitivité Mondiale en infectiologie

Par Dr. Bernard Mandrand
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Mardi 11 septembre 2007

Il est souvent admis qu'une société de Biotechnologie est valorisée à la fois par la qualité de sa propriété industrielle, la taille de son marché potentiel, l'efficacité et la cohésion de son équipe opérationnelle,  sans oublier la qualité de son réseau de conseillers. L'enjeu du développement d'une entreprise de biotechnologie est par défaut de dimension internationale, ce qui  implique une protection forte de son portefeuille de brevets au niveau mondial. C'est dans cette optique qu'ImmunID et le CEA ont décidé de travailler ensemble pour protéger au mieux les innovations issues de leurs travaux communs sur le système immunitaire. La société ImmunID utilise historiquement un brevet princeps du CEA et de l'INSERM pour étudier le répertoire immunitaire de tout être vivant. Depuis sa création, ImmunID  développe ses propres brevets tout en continuant à travailler avec le CEA pour s'assurer d'une défense solide envers la concurrence internationale.

"Nous avons eu la chance de travailler très tôt avec l'équipe de Christian Vincent, directeur de l'office de transfert de technologies de la Direction des Sciences du Vivant du CEA, pour réfléchir ensemble à notre stratégie de propriété industrielle. Celle-ci doit être vue sur le long terme et à une dimension mondiale. Nous avons rapidement identifié que la gestion de la propriété industrielle est un métier qui ne s'improvise pas et qui implique une gestion prévisionnelle des budgets alloués au portefeuille de brevets. De plus, même s'il est bon qu'une société de biotechnologie possède sa propre propriété industrielle, il est important que celle-ci soit complémentaire à la propriété industrielle issue de partenariats avec les principaux organismes de recherche comme le CEA, afin notamment d'assurer une meilleure protection face aux contrefaçons »
indique Nicolas Pasqual dirigeant et co-fondateur d'ImmunID.

La politique de protection industrielle est centrale dans les entreprises innovantes, et permet de promouvoir l'innovation par sa valorisation : une société de biotechnologie doit anticiper les questions relatives à l'exercice d'un droit exclusif d'exploitation, et à la valorisation de ses actifs.  

« Tous ces éléments montrent bien que le dépôt d'un brevet et ses modes de valorisation s'inscrit dans un processus dynamique, en constante évolution, notamment du fait de l'interdépendance, des critères de risque, de temps, et de coût lors du processus de valorisation ».
Complète Sébastien Weisbuch directeur des opérations et co-fondateur de la société, en charge du suivi de la propriété industrielle.

« Certains éléments de cette approche que nous mettons en oeuvre avec la direction de la valorisation des technologies du CEA, font également partie des propositions que met en place le groupe de travail « valorisation » de France Biotech regroupant des dirigeants d'entreprise de biotechnologies et les responsables de la valorisation de grands centres de recherche français. L'objectif commun est d'être encore plus performant au niveau international. De plus, il est important d?anticiper les problématiques rencontrées lors des processus de valorisation dans le secteur de la santé. Ce sont des enjeux majeurs pour la société, permettant à terme une exploitation commerciale des innovations à l?échelle internationale en accord avec les réglementations.»
poursuit Sébastien Weisbuch.

Pour ImmunID, il est naturel qu'une politique globale de protection et de valorisation des innovations françaises et européennes, issues de la recherche publique et privée, soit mise en oeuvre. Cette politique est d'autant plus importante lorsqu'il s'agit d'une start-up innovante.

« Nous sommes très heureux de poursuivre notre collaboration de développement économique avec la Direction des sciences du vivant du CEA, collaboration que nous espérons fructueuse en terme d'innovations technologique et de dépôts de nouveaux brevets »
conclue Nicolas Pasqual. En effet Il est essentiel qu'une société de biotechnologie consolide sa propriété industrielle, et s'entoure pour cela de Conseils en Propriété Industrielle (CPI) et de professionnels de la valorisation issus des instituts de recherche publique. C'est au sein de ces instituts que se trouve le plus souvent l'origine des innovations qui feront les produits de demain, comme ce fut le cas avec le concept de météo immunitaire.

Par ImmunID
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Lundi 15 octobre 2007
.../... Selon le Pr Jean-Yves Blay , oncologue à l’hôpital Edouard Herriot et au centre Léon-Bérard de Lyon, ainsi que directeur scientifique du Cancéropôle Lyon-Auvergne-Rhône-Alpes (CLARA),

« …l'accès à une "météo" immunitaire est un outil puissant qui ouvre de multiples applications potentielles». Parmi celles-ci, le suivi d'un clone tumoral semble le plus évident. « … c'est cet outil qui permettra de prouver l'efficacité du traitement quant à la diminution du nombre de lymphocytes malins résiduels » affirme J.-Y. Blay.

Une autre application, plus subtile, concerne le comportement du système immunitaire du patient en phase de cancer.

« La question est effectivement de savoir quelles cellules sont présentes et dans quelles mesures elles sont altérées », précise-t-il, « c'est-à-dire d'accéder à une connaissance beaucoup plus fine du système immunitaire que celle dont on dispose actuellement, beaucoup plus basique ». La diversité des cellules du système immunitaire est altérée dans le cancer et « le nouvel outil proposé par ImmunID, très puissant, permettrait de mesurer à la fois les altérations quantitatives et qualitatives du SI »
.../...

Voir aussi programme lymphos1

Par ImmunID
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Lundi 14 janvier 2008

ImmunID Technologies, annonce aujourd’hui la signature d’un contrat de service de recherche avec sanofi pasteur, la division vaccins du groupe sanofi-aventis, et la plus importante société au monde dédiée intégralement aux vaccins humains.
La technologie innovante développée par ImmunID permettra d’évaluer la diversité des répertoires immunitaires T et B chez l’homme suite à la vaccination.

 « Nous sommes très heureux de la confiance que nous accordent les équipes de sanofi pasteur. Notre appartenance commune au Biocluster Rhône Alpin (LyonBiopole), l’ouverture de sanofi pasteur aux approches innovantes en immunomonitoring et aux jeunes sociétés de Biotechnologie telle qu’ImmunID sont autant de valeurs importantes à nos yeux qui ont permis la concrétisation de cet accord »
indique Nicolas Pasqual CEO et co-fondateur d’ImmunID Technologies.

 

« Notre technologie « ImmunTraCkeR » et notre savoir faire dans l’étude des répertoires immunitaires contribueront à la mesure de l’efficacité du vaccin. Nous mettrons en œuvre toute notre expertise et notre professionnalisme pour que ce contrat  soit le premier d’une longue liste de contrat de service de recherche avec l’industrie pharmaceutique»
poursuit Sébastien Weisbuch COO et co-fondateur d’ImmunID Technologies.

 

A propos d'ImmunID Technologies :

ImmunID est une jeune société de Biotechnologie basée à Grenoble dont la mission est le développement et la commercialisation de tests d’immunomonitoring destinés à l’industrie pharmaceutique ou au marché du diagnostic médical personnalisé.

ImmunID propose une offre de service permettant de suivre la diversité du répertoire immunitaire afin de mesurer l'effet de molécules thérapeutiques dans le but de caractériser plus précisément leur efficacité. ImmunID développe des produits de diagnostic permettant de détecter plus précocement des maladies touchant le système immunitaire.

Par Nadia Plantier
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Vendredi 8 février 2008

La Société Française d’Immunologie (SFI) a organisé le lundi 26 Nov 2007 son 24ème atelier technologique à l'ENS Lyon qui traitait de l'Approche Globale des Répertoires Immunitaires: de la Recherche au Diagnostic ex-vivo. Pour la première fois, une Biotech a pleinement participé à l’organisation de l’atelier aux côtés de la SFI. Retours sur la conférence...

« L'objectif était de faire le point sur les techniques globales de l'analyse des  répertoires immunitaires (RI) en tant qu'outils de recherche, et de discuter de leur pertinence pour certaines applications au service des malades » rappelle Sylvia Cohen-Kaminsky membre du CA de la SFI. Les interventions des conférenciers ont permis de comprendre les diverses approches disponibles pour l'analyse globale des RI au plan technique et pratique, et leurs domaines d'application en recherche ainsi qu'au niveau médical. « L'idée originale de suivre le RI en immunomonitoring devrait permettre d'aider les médecins à piloter et personnaliser les traitements et les scientifiques à mieux comprendre les mécanismes d’action de ces traitements poursuit Nicolas Pasqual, responsable de la société ImmunID Technologies, Biotech européenne innovante en immunomonitoring. Cette journée a contribué à faire un état des lieux grâce à l’expertise des scientifiques référents dans ce domaine.

Retour sur les points forts des interventions…

undefined En guise d’introduction Sylvia Cohen-Kaminsky à travers son expérience dans la Myasthénie autoimmune a résumé les besoins du point de vu de l’utilisateur, ainsi que les questions posées face à une problématique d’analyse du répertoire T dans une situation physiopathologique donnée: a) Quels sont les tissus, cellules pertinentes pour cette analyse, est-ce que ces échantillons sont accessibles ? b) Est-ce que la chronicité des maladies représente un obstacle ou un atout pour rendre ces analyses informatives ? c) Quels domaines d’application pour quelle technologie ? d) Comment combiner les technologies pour répondre à une question scientifique ou physiopathologique ?

Dans les faits le chercheur est souvent confronté à la problématique de l’accessibilité des échantillons pertinents pour la pathologie étudiée. Il est important de sélectionner les patients inclus dans les études de RI au moins selon deux critères : un délai court entre les premiers signes de la maladie et l’analyse pour éviter la complexité due au « spreading »  d’épitope, et selon le traitement, afin d’identifier des modifications de répertoire indicatrices de la pathologie. Les effets des traitements sur le remodelage du RI est une question à aborder dans un second temps. Les échantillons étudiés sont rarement les plus informatifs. Les PBMC trop souvent utilisés ne reflètent pas la région cible de la pathologie. La microdissection laser est une approche puissante qui permet de disposer de coupes des tissus cibles, contenant des infiltrats inflammatoires lymphocytaires diffus, ou encore des formations plus organisées comme les follicules lymphoïdes tertiaires avec centres germinatifs, pour réaliser les analyses de répertoire. En contre-partie, cette approche nécessite des méthodes très sensibles. Il est envisageable que cette approche, couplée à des outils d’immunomonitoring robustes puisse révéler des relations précises entre signatures immunitaires et physiopathologie des maladies impliquant le système immunitaire, avec à la clef des outils pour le diagnostic, le pronostique et le suivi clinique de l’efficacité des traitements.

 

Une conférence introductive par Philippe Kourilsky a fait le point sur l'historique des méthodes d’étude du RI. En tant que véritable pionnier de l’analyse globale des RI, il a notamment présenté l’Immunoscope®, développé dès 1992 à l’institut Pasteur, en appuyant l’idée de la potentialité de son utilité en clinique humaine Son point de vue est que « La Science est belle quand elle utile, » et que « L’immunologie n’a pas rendu ce qu’on attendait d’elle vis-à-vis de la clinique » et que « oui les RI sont complexes, mais qu’il faut appréhender cette complexité de façon progressive en se donnant des instruments et des outils conceptuels ».

undefined L’analyse du RI est une approche incontournable de l’immunomonitoring mais il reste beaucoup à faire pour fournir un outil réellement adapté aux besoins des cliniciens, en particulier coupler l’analyse du RI avec d’autres approches d’immunomonitoring et standardiser les procédures. D’après Phillipe Kourilsky, un des principaux avantages de l’Immunoscope, dont le principe est d’analyser la longueur de CDR3 au niveau des ARNm, est l’ajustement du niveau d’analyse avec des amorces nucléotidiques de plus en plus spécifiques. L’Immunoscope permet en théorie de suivre les chaînes α, β, γ, δ et IgH. Le suivi de clonotypes dits « publics » est particulièrement utile. Le fait qu’un même pic de taille puisse abriter des séquences légèrement différentes, mais de même spécificité, peut contribuer à réduire la complexité. Des traitements informatiques poussés accroissent la vitesse et la puissance d’analyse. Il est hors de doute que l’approche a été, et reste fort utile dans de nombreuses situations. Il faut reconnaître néanmoins qu’elle reste relativement chronophage et onéreuse. Plus on désire être précis, plus la méthode est lourde à mettre en œuvre. Aussi il convient de réaliser un ajustement de la technologie et du niveau de complexité. De plus, l’Immunoscope souffre de limitations intrinsèques et aurait deux « pêchés originels »: le premier est de ne pas donner accès simultanément aux deux chaînes (lourde et légère, b et a, d et g) produites par la même cellule ; le second est que la détection d’une clonalité n’indique en rien la fonctionnalité (anergie ou non, production d’interleukines, etc) des cellules exprimant un TCR donné. Enfin il faut noter que cette approche utilise des ADNc qui reflètent un état d’activation transcriptionnel, ce qui induit inévitablement un biais lorsqu’on on utilise les données expérimentales de l’Immunoscope pour dénombrer de façon relative des populations cellulaires.
Après avoir brossé un panorama des évolutions de l’outil immunoscope, et souligné son importance, notamment dans le suivi des immunodéficiences en collaboration avec le Pr Alain Fisher, il conclue qu’il faut être à l’écoute des cliniciens et qu’il faut progresser avec des ajustements en permanence entre la complexité des RI, les développements technologiques, et le dialogue avec les cliniciens. Enfin il souligne l’intérêt d’avoir organisé cet atelier de façon conjointe entre une société de biotechnologie et les chercheurs et cliniciens appartenant à la SFI. «Pour le bien des malades, la porte est ouverte à de nouvelles approches complémentaires…». Le ton était donné, avec justesse, précision et grande sagesse…

La conférence s'est poursuivie à un rythme soutenu, par les interventions successives de plusieurs experts internationaux.

undefined Guy Gorochov, nous a présenté des interrogations et résultats concernant l’étude des RI. Une des problématiques est la suivante : comment comparer deux RI. La stratégie originale mise  en place  par son équipe à partir de données Immunoscope a consisté à établir un profil de référence à partir de plusieurs sujets sains. Ensuite les RI sont soustraits à ce RI moyen afin d’obtenir un seul indicateur qui représente la perturbation du RI. Cette méthode a notamment permis de mettre en évidence la stabilisation des répertoires lymphocytaires chez les patients HIV+ recevant un traitement antiviral efficace. Elle sert de base d’analyse à d’autres groupes pour une approche globale de l’analyse du RI (voir résumé de la présentation de P. Miqueu). Il existe néanmoins de nombreuses limitations à ce type d'approche. Il est en effet difficile de définir précisément certaines sous-populations cellulaires. Par ailleurs, il existe des limitations méthodologiques liées à la qualité et à la représentativité des échantillons d’une part, et à la non linéarité des réactions de PCR, d’autre part. Selon Guy Gorochov, nous ne sommes pas encore à l’ère de l’application médicale en routine de l’analyse globale des RI. Pour l’heure son laboratoire d’immunomonitoring travaille sur des études longitudinales à l’échelon unicellulaire, par RT-PCR multiplex en particulier pour l’analyse des Tregs. Dans ce cas la diversité étudiée n’est pas une diversité globale. L’analyse repose sur la co-détection de Foxp3, des cytokines IL-10 et TGFß et des séquences CDR3. Il est ainsi possible de corréler la diversité à un type de population cellulaire. Les analyses basées sur ces distinctions phénotypiques indiquent que les répertoires des cellules T conventionnelles et de Treg sont en grande partie distincts.

undefined Marie-Paule Lefranc nous a présenté IMGT®, le système d’information international en immunogénétique et immunoinformatique. IMGT® est la référence mondiale pour les gènes et protéines des immunoglobulines (IG) ou anticorps, des récepteurs T (TR) et du MHC de l’homme et des autres vertébrés. «Tous les travaux de R&D en immunogénétique et en ingénierie des anticorps ont besoin d’un très fort niveau de standardisation au niveau de la nomenclature des gènes et de la description des séquences et structures tri-dimensionnelles (3D). IMGT® est devenu indispensable pour les experts du domaine». Marie-Paule Lefranc nous a décrit un des systèmes phares d’IMGT®, IMGT/V-QUEST qui permet, en entrant une séquence V-(D)-J réarrangée d’IG ou de TR, d’identifier le nom des gènes et allèles V, D et J et de déterminer les mutations des IG. Grâce à ses outils intégrés, IMGT/V-QUEST fournit l’analyse détaillée des jonctions V-J et V-D-J (IMGT/JunctionAnalysis), la représentation graphique ou « IMGT Collier de Perles » des domaines variables et l’annotation exhaustive des séquences des utilisateurs (IMGT/Automat). IMGT/V-QUEST donne également les alignements et résultats protéiques avec la caractérisation des acides aminés selon les onze classes physicochimiques standardisées d’IMGT®. IMGT-V-QUEST compare jusqu’à 50 séquences réarrangées par analyse. Plus de vingt options sont disponibles pour l’utilisateur. Ceci fait gagner un temps considérable aux chercheurs. IMGT/V-QUEST est très utilisé par les cliniciens pour l’analyse des mutations dans les leucémies lymphoïdes chroniques et pour l’étude des répertoires immunitaires. Marie-Paule Lefranc a souligné que les mêmes standards sont appliqués aux séquences et aux structures 3D grâce à la numérotation unique IMGT. En particulier la numérotation unique des domaines V et C (des IG et TR) et des domaines G (du MHC) dans IMGT/Dstructure-DB permet, pour la première fois, une analyse standardisée des contacts dans les interactions anticorps/antigènes et TR/peptide/MHC.

undefined Le Dr Patrick Miqueu a présenté les derniers résultats de la société TcLand Expression concernant la caractérisation des répertoires T de patients atteints de maladies auto-immunes et de patients transplantés rénaux. La présentation s’est focalisée sur le développement de méthodes statistiques dédiées à l’analyse des données issues de la technologie TcLandscape.  Cette technologie propriétaire explore la diversité du répertoire T en analysant l’expression des gènes Vb ainsi que les distributions de longueurs des régions CDR3 (données Immunoscope/Spectratyping associées aux quantités de transcrits). La robustesse des données a été illustrée par la réalisation de triplicats pour l’ensemble des gènes. Une vision intégrée de l’ensemble de ces données est assurée par la représentation TcLandscape. Deux types d’analyses statistiques ont été présentés : une étude longitudinale sur des patients atteints de sclérose en plaques et une étude de stratification de patients ayant subi une greffe rénale. Ces deux exemples ont été soumis à des analyses non supervisées : il s’agit de méthodes ne tenant pas compte de l’appartenance des échantillons à leurs groupes cliniques. Dans la première étude, des calculs de distances entre les différents profils ont été réalisés et corrélés avec les quantités de transcrits. L’analyse a permis d’établir des corrélations entre les variations du répertoire T et l’activité lésionnelle mesurée par IRM chez les patients atteints de sclérose en plaques. L’étude de stratification présentée concernait une cohorte de 250 patients ayant subi une greffe de rein. Cette étude a permis de différencier les patients tolérants leur greffe en l’absence de traitement immunosuppresseur aux patients présentant des signes de rejet chronique. Concernant les patients stables sous traitement immunosuppresseur, une stratification a pu être menée sur la base de leur TcLandscape suggérant que le répertoire pourrait être un marqueur du devenir à long terme du greffon.


undefined Nicolas Pasqual à présenté les résultats et les innovations de la société ImmunID Technologies, notamment le test ImmunTraCkeR® basé sur de la PCR multi-N-plex au niveau de l’ADNg, ainsi que la méthode d’analyse NDL® développée sur les chaînes du TCR a, b, g, d, et la chaîne lourde des Ig chez l’homme et la souris. L’ImmunTraCkeR® mesure la diversité combinatoire V-J et permet plusieurs niveaux d’analyse en évitant les biais de transcription (car directement sur l’ADNg, un réarrangement au niveau ADN = une cellule) : 1/ évaluer le risque infectieux du patient, 2/ tout en suivant de manière résolutive d’éventuels clones de lymphocytes T ou B pouvant représenter la signature d’une pathologie. Grâce à une étude longitudinale chez un patient, il est possible de vérifier que ce dernier conserve bien un RI diversifié et homogène (moins de risque infectieux) tout en suivant l’efficacité du traitement d’immunothérapie sur les clones liés à la pathologie.  

« Nos récents résultats de suivi des lymphoproliférations et des immunodéficiences sont encourageants pour le diagnostic et l’évaluation de l’efficacité d’un traitement. Visiblement ces nouveaux tests font gagner du temps aux biologistes en identifiant directement le nom des réarrangements V-J (sans besoin de séquencer) et en mesurant en parallèle le niveau d’immunodéficience du patient. Des études cliniques sur 350 patients sont en cours pour compléter ces données». ImmunID espère que d’ici quelques années, la technologie ImmunTraCkeR® permettra de répondre en quelques minutes seulement à la demande des cliniciens ayant besoin d’outils d’immunomonitoring pertinents et simples d’utilisation, pour adapter au mieux le traitement des patients en proposant le médicament adéquat, à la bonne dose et au bon moment. Des contrats avec l’Industrie pharmaceutiques indiquent le potentiel et la facilité de mise en œuvre de cette technologie. Une affaire à suivre…

undefined Niek de Vries a décrit une nouvelle approche prometteuse, la technologie I-array®  (Immune Array), pour l’étude de la diversité de jonction par Puce à ADN. La technologie décrite dans PLOs One en décembre 2007, s’appuie sur le fait que lors de la recombinaison VDJ,  quelques bases sont enlevées et d’autres rajoutées au niveau des gènes V-D-J . Les oligonucléotides sur la puce ont une taille de 6 pb avec toutes les combinaisons possibles. De plus sur les réarrangements sont hybridés des « annealers » qui permettent de connaître le nombre de bases supprimées dans le gène V ou J. Cette approche à un seuil de détection trés fin et serait 2 logs plus sensible que Immunoscope à titre comparatif pour détecter l’infection à CMV.
L’objectif de cette puce n’est pas de permettre l’identification de la séquence mais de chercher rapidement des marqueurs pour les clones T et B avec une sensibilité supérieure à toutes les autres technologies actuelles. En ce moment cette technique pourrait s’avérer particulièrement efficace dans la recherche de maladies résiduelles. Même si cette approche est peut être encore onéreuse, son seuil de détection est prometteur. La validation actuelle d’un screening du répertoire complet  peut nous apporter un outil rapide et sensitif pour l’analyse des expansions clonales des lymphocytes dans le temps, dans differents tissues, et dans differentes populations de lymphocytes. Une autre affaire à suivre…

undefined Adrien Six a présenté la stratégie ISEApeaks® permettant l’automatisation des analyses globales Immunoscope. Le logiciel ISEApeaks permet de créer une base de données de pics pour l’analyse de la diversité et de la perturbation d’un RI. Pour réaliser une étude des RI pertinente, il faut standardiser les approches pour établir des bases de données avec des informations comparables entre elles et si cela est possible, essayer de combiner l’étude du RI à d’autres approches d’immunomonitoring (ex : immunité innée). Adrien Six nous a présenté un travail sur l’étude de la diversité CDR3 des lymphocytes T lors de l’infection par plasmodium chez la souris. Des échantillons de sang et de rate de souris naïves ou de souris infectées développant des signes neurologiques (CM+) ou non (CM-) ont été analysés. Deux indices ont été utilisés pour estimer la perturbation des RI par rapport à un profil de référence : « Gorochov » un indice de perturbation globale ; et « Oligoscore » un indice indicateur d’expansion oligoclonale récurrente. Une analyse statistique et de clustering est ensuite effectuée. La méthode de clustering supervisée (k-mean clustering) permet de classer les profils sans à priori. Cette méthode visualise les résultats de façon intéressante: dans l’exemple montré, tous les échantillons de sang CM+ sont regroupés. Dans un second temps, une étude en cinétique a été menée. L’analyse a permis de mettre en évidence une augmentation significative de la perturbation au jour 5 dans la rate et au jour 6 dans le sang. Ces résultats démontrent qu’une étude biostatistique adéquate est primordiale pour mettre en évidence les biomarqueurs de l’infection.

Gilles Marodon a présenté ses tous derniers résultats montrant que l’étude du répertoire immunitaire permet de s’assurer de la qualité de la génération d'un système immunitaire humain chez les souris immuno-déficientes après injection de cellules souches CD34+ de sang de cordon. Les données montrent que les animaux présentent une diversité combinatoire proche de celle de l’homme, que ce soit pour les chaînes a et b du TCR ou pour les chaînes lourdes des Ig. L'étude du phénotype des différentes populations composant le système immunitaire a montré qu'une forte proportion de cellules naïves était retrouvée. Des études préliminaires montrent que le répertoire immunitaire diversifié corrobore une activité fonctionnelle des cellules humaines générées chez la souris après immunisation avec un candidat vaccin. Même si la méthode expérimentale est encore lourde, le taux de succès de reconstitution ainsi que l'homogénéité du répertoire immunitaire est encourageant pour que ce type de modèle puisse être un jour utilisé en pré-clinique. Au final, le fait de combiner le modèle de souris humanisées avec un immunomonitoring précis des répertoires immunitaires avec le test ImmunTraCkeR, semble prometteur, tant au niveau infectieux qu’au niveau cancéreux.

 

undefined Rafick Sékaly, a présenté des données originales sur l’homéostasie de la réponse immunitaire au VIH pendant une HAART : du thymus à la périphérie. En préambule il a déclaré qu’il est particulièrement important lors d’une étude d’immunomonitoring des RI de lier diversité et fonctionnalité. Les travaux qu’il a menés reposent sur l’étude de la polyfonctionnalité des cellules T. Les fonctions des cellules qui sont étudiées sont la sécrétion d’IFN-g, d’Interleukines et de PD1. Il montre que la charge virale est corrélée à l’expression de PD1. Une forte expression de PD1 témoigne d’une charge virale élevée. Les cellules T CD8 au cours de l’infection au VIH, ne sont plus capables de générer des cellules mémoire et perdent à la fois de la diversité au niveau du répertoire T, et de la diversité fonctionnelle, qui ne se limite pas seulement à la production d’IFN-g. Il utilise la technologie des tétramères pour isoler les cellules CD8 spécifiques du VIH, et les étudier dans le temps au cours de l’infection, en analysant leur fonctionnalité, les voies de signalisation impliquées dans la mémoire, la présence de molécules anti-apoptotiques, et leur diversité directement par séquençage. Cette étude permet de montrer que la chute de la diversité est souvent due à la perte de multifonctionnalité et que la thérapie HAART restaure la réponse immunitaire, la fonctionnalité des cellules CD8+ et semble conduire à l’émergence de nouveaux clones T. D’où l’utilité de combiner les approches d’immunomonitoring…

 

Table Ronde… et Epilogue : Pierre Rafick Sékaly, Guy Gorochov, Nicolas Pasqual et Sylvia Cohen-Kaminsky

Vers une analyse du répertoire immunitaire au service des patients ?
L’atelier s’est poursuivi par une table ronde, au cours de laquelle des perspectives ont été évoquées autour de l’analyse globale des RI immunitaires. Il a été souligné les progrès des techniques de séquençage (technologie Solexa) permettant de séquencer des centaines de milliers de clones en un temps record. Mais le criblage à haut débit et le séquençage ne donnent pas la structure ni la fonction. Il faut arriver à jumeler fonction et oligoclonalité, encore que les réponses contre beaucoup de pathogènes soient polyclonales. La génération de ces données d’analyse globales des RI immunitaires pose le problème des bases de données spécifiques, et soulève la question de la résolution de la structure cristallographique à grande échelle. Aucune technique à l’heure actuelle ne permet de définir l’identité des chaînes TCR a et b sur les mêmes cellules, aucune technique n’est développée à l’échelon unicellulaire. Pour finir, l’idée a été soulevée par Nicolas Pasqual de créer un site web avec un système d’aiguillage pour aider l’utilisateur à faire des choix sur les approches technologiques les plus adaptées à son étude et à construire un programme de recherche autour de l’analyse des RI. En effet pour chaque situation physiopathologique, une combinaison d’approches complémentaires pourrait répondre de façon précise aux questions posées.

En conclusion, la présentation des développements autour de l’Immunoscope et des technologies ImmunTraCkeR et I-Array ont prouvé que le champ technologique de l’analyse globale des RI poursuit son développement. L’avenir nous dira si l’analyse globale des RI sera un jour à la portée du lit du malade… lien vers le programme de la conférence

Par ImmunID
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Lundi 21 avril 2008
A l’issue du 5e appel à projets du Fonds Unique Interministériel,Lyonbiopôle obtient le financement d’un nouveau projet de R&D


Lyon/Grenoble, le 9 avril 2008 – Après sa labellisation par le pôle de compétitivité mondial Lyonbiopôle, le projet PLATINE va bénéficier d’une aide publique de la part de l’Etat et des collectivités territoriales d’un montant de 4,8 millions.

Le projet PLATINE, labellisé par Lyonbiopôle, a été déposé en 2007 lors du 5ème appel du Fond Unique Interministériel (FUI). Pour son financement, il a fait l’objet de subventions de l’Etat (FUI), du Fonds Européen de Développement Régional (FEDER), et des collectivités locales, à hauteur de 4,8 millions d’euros.

Définition du projet : PLATINE est un projet de plateforme européenne d’immunomonitoring.

Partenaires : le projet mutualise les compétences complémentaires de 5 partenaires :

trois industriels, Innate Pharma, Transgene et ImmunIDTechnologies,

l’Inserm U590 « Cytokines et Cancers » et U851 « immunité, infection et vaccination »

un établissement hospitalier, le Centre Léon Bérard.

Enjeux : PLATINE a pour vocation d’identifier, développer et valider des biomarqueurs d’efficacité et de sécurité pour de nouvelles molécules thérapeutiques, en particulier immunomodulatrices dans le domaine de l’oncologie, l’onco-hématologie et l’infectiologie.

PLATINE pourra compter à la fois sur des techniques conventionnelles et robustes d’immunomonitoring et sur des méthodes innovantes issues de la collaboration.

La structure sera mise en place à Lyon (Gerland), au cœur du pôle de compétitivité Lyonbiopôle. Elle intégrera des équipes des différents partenaires et réalisera en premier lieu des activités d’immunomonitoring pour certains de leurs essais cliniques. Ces prestations permettront d’accélérer le développement des molécules testées, tout en maitrisant le coût. Elles serviront aussi à valider les outils de la nouvelle plateforme pour qu’à terme, ils répondent aux attentes des sociétés de biotechnologies et de l’industrie pharmaceutique.


Financement : FUI, FEDER, Région Rhône-Alpes, Grand Lyon, Conseil Général du Rhône etGrenoble Alpes Métropole (La Métro).

Par LyonBiopôle
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Lundi 7 juillet 2008


Dans le cadre du financement de ses projets de R&D, la société ImmunID vient de bénéficier de la dernière innovation financière mise en place conjointement par OSEO, la Place Financière de Lyon, et BNP-Paribas. Il s’agit d’un prêt d’avance sur subvention, garanti par OSEO (communiqué de presse du 14 avril 2008), qui permet d’accélérer le lancement des programmes de R&D labellisés par les Pôles de Compétitivité, dont notamment LyonBiopôle.

« Au delà du financement obtenu suite à la labellisation, un des enjeux majeurs dans le domaine de l’innovation est la vitesse. Nous sommes heureux de voir dans cet outil la concrétisation du travail réalisé dans le cadre de Lyon Place Financière et Tertiaire (http://www.lyon-finance.org) qui a su mobiliser les entrepreneurs, OSEO, la Drire, et les banquiers pour créer cette réponse simple et efficace» introduit Yves Laurent, Directeur Général du LyonBiopôle.

« Nous sommes heureux de bénéficier de ce tout nouveau produit financier facile d’accès et rapide à mettre en oeuvre, qui permet à ImmunID de gagner plus de 6 mois sur ses prévisions de démarrage de programme. Ce temps gagné favorise notre avance dans le domaine de l’immunomonitoring, et nous comptons l’utiliser pour poursuivre les développements de notre gamme ImmunTraCkeR® en médecine personnalisée», indique Nicolas Pasqual PDG d’ImmunID.

« OSEO a déjà soutenu la société ImmunID au travers du Concours national d'aide à la création d'entreprises de technologies innovantes via un prêt participatif d’amorçage, et plus récemment par l’octroi d’une aide à l’innovation. Avec ce nouveau dispositif, destiné aux projets labellisés par les Pôles de Compétitivité, OSEO souhaite apporter une réponse globale aux besoins de l’entreprise en garantissant à 50% le financement mis en place par la banque pour le préfinancement de la subvention et des éventuels besoins en fonds de roulement additionnels » complète Arnaud Peyrelongue directeur du réseau Sud Est OSEO

« La recherche et les technologies de pointe se développent sans cesse dans notre région. BNP Paribas, la banque d'un monde qui bouge, se devait d'accompagner encore plus, les entreprises innovantes en contribuant à l'élaboration et la réalisation de la 1ère mise en place du crédit de préfinancement des subventions" poursuit M Berger de l’agence Arc Alpin Entreprises BNP PARIBAS, avec qui a été réalisé l’opération.

« Enfin un outil financier simple et efficace pour les PMEs innovantes : si un tel produit se démocratise, il devrait contribuer activement au financement de la  R&D des PMEs en France. Pour les entrepreneurs et dirigeants de PME, il s’agit d’une aide précieuse qui permet de financer au bon moment les programmes de recherche» poursuit Nicolas Pasqual. « Lyonbiopole se réjouit de voir ce premier dossier bénéficier à une entreprise Grenobloise, et va poursuivre son action au service des PMEs de la Région Rhône Alpes, pour les aider à trouver les meilleures solutions de financement. En effet, il faut que l’entreprise puisse disposer des fonds nécessaires aux différents stades de développement. C’est une condition sine qua non pour que les entreprises innovantes puissent bénéficier des dispositifs publics de financements de la R&D afin de développer leurs projets et devenir demain, des leaders au niveau international» conclut Yves Laurent.






 

 

 






Contact LYONBIOPOLE

Yves Laurent

Directeur Général LyonBiopôle



Contact ImmunID

Nicolas Pasqual

PDG ImmunID

npasqual@immunid.com


Contact BNP
Alain Berger
Banquier d'affaires
alain.berger@bnpparibas.com

Lire aussi l'article de

du 11/07/08


 

Grenoble : ImmunID ouvre la voie du préfinancement de subventions


   
Par ImmunID
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Mardi 23 septembre 2008
Ce nouvel accord de licence va contribuer à améliorer la médecine personnalisée dans le monde en utilisant le répertoire immunitaire comme un biomarqueur du risque infectieux.

ImmunID, la société spécialiste en immunomonitoring, a annoncé aujourd’hui qu’elle avait conclu un accord de licence avec le CEA et l’INSERM pour un procédé d’analyse du répertoire immunitaire au niveau génomique, afin de contribuer à l’amélioration de la médecine personnalisée au niveau mondial.

  « Avec cette licence ImmunID va davantage contribuer à dépister les troubles immunologiques en apportant des solutions de diagnostic innovantes sous la forme de prestation de services et de développement de kits de diagnostic. Nous estimons qu’une meilleure étude du répertoire immunitaire aura des avantages significatifs à court terme pour une utilisation de routine dans les programmes d’études cliniques et permettra à nos partenaires de l’industrie pharmaceutique de réaliser des économies grâce à une meilleure caractérisation immunologique des patients.» a déclaré Nicolas Pasqual le président directeur général d’ImmunID.

  «La  Direction des Sciences du Vivant du CEA, a deux missions majeures : la première consiste, par l’excellence de sa recherche, à contribuer à l’augmentation des connaissances scientifiques dans des domaines tels que l’imagerie médicale et la pharmacologie associée, l’ingénierie des protéines, la radiobiologie …, la seconde a pour objectif de protéger et de valoriser ses résultats de recherche. Le développement, en collaboration avec l’INSERM, d’outils  performants et innovants permettant la description des répertoires immunitaires est un bon exemple de la façon avec laquelle nous remplissons ces missions. Le choix de protéger ces développements par des brevets permet aujourd’hui de les valoriser en transférant les droits d’exploitations à la société ImmunID.  Aussi, en ajoutant à ses actifs une licence exclusive, la société ImmunID est à même de commercialiser à un niveau international des produits de diagnostic basés en parties sur les travaux du CEA et de l’INSERM.» a déclaré Christian Vincent, adjoint au Directeur, Responsable pôle Valorisation et Partenariats Industriels Stratégiques.

  « L’obtention de cet accord s’associe à une nouvelle étape du développement de nos produits à visée diagnostique (DMDIV) qui se basent sur les technologies licenciées. Les libertés d’exploiter et le droit d’interdire que nous confèrent nos partenaires CEA & INSERM  permettent d’engager nos équipes R&D dans des programmes de validation cliniques à plus grande échelle.  A terme il est important que nos partenaires licencieurs soient bien rétribués en termes de royalties, ce qui sera un bon indicateur de succès commercial ! Un des paramètres du succès sera pour ImmunID de rester actif pour conforter son portefeuille de propriété intellectuelle dans son domaine de spécialité «  l’étude des répertoires immunitaires.» complète Sébastien Weisbuch, co-fondateur et directeur des opérations.

Selon l’accord, le CEA a concédé à ImmunID les droits exclusifs de commercialisation, fabrication et de distribution pour le monde entier.



A propos du CEA :

- Lien vers le site du CEA

- Lien vers le site de la Direction des Sciences du Vivant (DSV) du CEA

Pour de plus amples informations concernant la valorisation à la direction des sciences du vivant au CEA :http://www.adebag.org/docs/present_27mai2008_biovalo/1c_vincent.pdf

A propos d’ImmunID : Créée en 2005, ImmunID est leader de l’analyse génétique de la diversité combinatoire du répertoire immunitaire. Des millions de personnes dans le monde sont atteintes d’affections touchant le système immunitaire, principalement chez les personnes âgés, les personnes atteintes de maladies infectieuses et de cancers : leucémies (+ 300 000 nouveaux cas/an), immunodéficiences acquises (40 millions de patients atteints du SIDA), allergies (+ 100 millions dans le monde), maladies auto-immunes.Grâce au concept original de « météo immunitaire », ImmunID propose des solutions de diagnostics et d’immunomonitoring innovantes pour caractériser des dysfonctions du système immunitaire ou analyser l’impact des immunothérapies sur le répertoire immunitaire. Les deux domaines d’activités de la compagnie sont :
•              Les Biotech & Pharma : les solutions ImmunTraCkeR® et Immun’Ig® sont utilisées de la recherche à la validation clinique pour mesurer la sécurité et l’efficacité de molécules telles que les anticorps monoclonaux (ex anti CD20), les Interleukines (IL2, IL7…), les vaccins (prophylactiques ou thérapeutiques).
•              Le milieu médical : les solutions ImmunTraCkeR® et Immun’Ig® utilisées pour le diagnostic de certaines pathologies telles que les leucémies et lymphomes, le suivi du niveau d’immunodéficience et la progression de la maladie ainsi que l’efficacité des immunomodulateurs. Les pathologies concernées sont en premier lieu les cancers du sang, les maladies infectieuses, les cancers, les maladies auto immunes… Pour en savoir plus : www.immunid.com

Par ImmunID
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